دکتر سینا مظفری جوین عضو هیأت علمی گروه ژنتیک و پزشکی مولکولی در سال ۲۰۱۳ موفق به دریافت جایزه و مدال علمی Otto-Hahn جامعه علوم پیشرفته ماکس پلانک آلمان در شاخه زیست پزشکی به دلیل شناسایی مکانیسم پردازش mRNA و همچنین جایزه ملی ژنتیک ایران در سال ١٣٩٩، و برگزیده برتر جایزه کنز بنیاد علم و فناوری مصطفی (ص) به عنوان دانشمند جوان برتر جهان اسلام در شاخه سلامت و پزشکی در سال ۱۴۰۱ و به دلیل ساخت واکسن نانوذره لیپیدی mRNA علیه کووید-۱۹ (آیریبووکس) شده است.

وی همچنین پیش از این موفق به دریافت گرنت های پیشرفته بین المللی و ملی در زمینه شناسایی کمپلکس های پردازش mRNA و ژن درمانی هدفمند بر پایه ویروس نوترکیب شده است و مؤلف مقالات اصیل پژوهشی در زمینه ژنتیک مولکولی و اصلاح بیماریهای ژنتیکی در مجلات علمی مطرح دنیا با ضریب اثر بالا از جمله Science (IF=۶٣) ،(IF=١٧) Molecular Cell ، Nature Communications (IF=١۶)، مجله آکادمی ملی علوم آمریکا PNAS و Nucleic Acids research (IF=١٩) است.